Fille de Peter Fonda (et nièce de Jane), elle porte donc le lourd tribut d'appartenir à une grande famille de comédiens hollywoodiens. Ce n'est pourtant qu'après avoir joué dans une production d'étudiants qu'elle décide de se lancer dans le métier.

Plutôt que de considérer son héritage comme un passe-droit, Bridget est une bosseuse : elle s'embarque pour la "Grosse Pomme", où elle prend des cours de théâtre à l'Université de New York, puis au Lee Strasberg Institute, sous la direction d'Harold Guskin. Elle entre à la Manhattan Class Company et monte sur les planche pour une pièce intitulée "Just Horrible".

Elle fait ses premiers pas cinématographiques en 1987, dans le film à sketches Aria, sous la direction de Frank Roddam. Trois ans plus tard, elle est nominée aux Golden Globes pour son second rôle dans Scandal, mais c'est avec JF partagerait appartement, où elle se fait méchamment psychoter par Jennifer Jason Leigh, qu'elle obtient la reconnaissance du grand public.

Bridget aime varier les genres et les plaisirs. Elle touche à la comédie romantique avec Millionnaire malgré lui, au thriller avec Nom de code : Nina (où elle reprend le rôle d' Anne Parillaud de Nikita), à l'horreur avec L'armée des ténèbres, à la superproduction hollywoodienne avec Le Parrain III ou Little Bouddha et au film noir avec Jackie Brown.

Mais surtout, Bridget Fonda est reconnue outre-Atlantique pour son indéfectible lien avec le jeune cinéma indépendant, apparaissant en quelques années dans une multitude de premiers films.